أفتتحت كلية الصيدلة سنة 2014-2015 في المجمع الطبي في جامعة المثنى وذلك لاسباب رئيسية منها حاجة المحافظة لأعداد صيادلة تتوفر فيهم الكفاءة العلمية والمهنية للقيام بالخدمات الصيدلانية المختلفة لخدمة المجتمع وايضا أحتضان ابنائنا طلبة محافظة المثنى و توفير فرصة دراسة قريبة من ذويهم بسبب الظروف السياسية والاقتصادية المتغيرة للبلد. وهي اليوم بموازاة كليات الصيدلة العراقية بمختلف المحافظات من حيث البناء والكادر التدريسي والتجهيزات والمناهج الدراسية والمختبرات والفروع.
وقد تبنت كلية الطب بمختبراتها و كفائاتها العلمية و أجهزتها كلية الصيدلة لفترة خمس سنوات, لتكون الخطوة الاولى لأنشاء كلية الصيدلة المتكاملة في بناياتها المستقلة في الجامعة. ولدى الكلية خطط طموحة لتبني أفضل الاساليب الحديثة في التعليم وأيجاد مختبرات بحثية متميزة, و رفد وزارة الصحة بالكوادر الصحية المهنية من الصيادلة و توفير المعلومات والقدرات التقنية لتلبية الاحتياجات الدوائية المتنوعة.
أن مدة الدراسة في الكلية هي خمس سنوات تقويمية يتم فيها أعداد الطالب نظريا” و علميا” وفق خطط منهجية تشمل مواد تخصصية و ساندة على مدار المراحل الدراسية ونسعى من خلالها الى تطوير القدرات الذهنية و المهارات للطالب و التي من شأنها تعزيز الجانب النوعي في التخصص المعرفي